A Contrarreforma foi um movimento de reação da Igreja Católica ao surgimento de novas doutrinas cristãs na Europa, em um processo conhecido como Reforma Protestante. Após perder o poder religioso, econômico e político nos reinos alemães e na Inglaterra, além da diminuição da influência nos Países Baixos, França, Áustria, Boêmia e Hungria, a Igreja Católica reagiu, e de forma repressiva.
Uma das primeiras medidas foi a criação da Companhia de Jesus. Ordem religiosa dos jesuítas, a Companhia de Jesus foi fundada pelo militar Inácio de Loyola e era organizada de forma semelhante a um exército. A estrutura hierárquica era rigidamente respeitada, tendo em seu cimo o superior da ordem e o papa.
A principal função da ordem era buscar o fortalecimento da Igreja através de ações disciplinares e moralizantes. Os jesuítas foram a partir daí um dos principais divulgadores da doutrina católica, em razão principalmente do papel de educadores por eles desempenhado.
Entre 1545 e 1563 foi realizado o Concílio de Trento, na Itália. Esse encontro das principais autoridades católicas (e também alguns teólogos protestantes) tinha por objetivo redefinir o posicionamento da Igreja em relação à sua doutrina religiosa, bem como encontrar meios de frear o avanço do protestantismo pela Europa.
Dentre as medidas tomadas no Concílio de Trento houve um recuo em relação às críticas dos protestantes: foi proibida a venda de indulgências e também foi decidido pela criação de seminários. Esta última instituição seria responsável pela formação eclesiástica do clero, buscando evitar, dessa forma, a venda de cargos na Igreja.
Por outro lado, o que ocorreu foi a afirmação dos dogmas religiosos católicos. O princípio da salvação pela fé e boas obras foi mantido, mesmo após as críticas de Martinho Lutero. O culto à Virgem Maria e aos santos foi reafirmado, bem como a existência do purgatório. A crença católica manteria as duas origens: a Bíblia e as tradições transmitidas pela Igreja Católica.
A constituição de um catecismo para doutrinar as crianças estava também entre as medidas adotadas. A infalibilidade do papa, ou seja, a noção de que o papa era infalível em questões religiosas e morais, foi reforçada, assim como o dogma da transubstanciação, através do qual se acreditava que o pão e o vinho transformavam-se em corpo e sangue de Cristo.
O Tribunal do Santo Ofício, a Inquisição, foi reativado para poder perseguir os praticantes das doutrinas cristãs protestantes. Milhares de pessoas foram torturadas e muitas mortas. Grandes expoentes da ciência mundial, como Galileu Galilei, foram julgados como heréticos em decorrência de suas pesquisas, como a de a Terra girar em torno do Sol. Galileu foi obrigado a renegar suas próprias ideias para fugir da morte na fogueira.
Uma lista de livros proibidos foi criada, em uma época em que a imprensa criada por Gutemberg havia facilitado a difusão da cultura escrita. O Index Librorum Prohibitorum indicava os livros que eram proibidos aos católicos, tais como O Elogio da Loucura, de Erasmo de Roterdã; o Decameron, de Boccaccio; obras de Maquiavel, Newton, Copérnico, bem como livros luteranos e calvinistas. O Index era constantemente atualizado e foi extinto apenas quatro séculos depois, em 1966.
Com a Contrarreforma, a Igreja Católica conseguiu conter o avanço do protestantismo em alguns países, principalmente na Itália, Espanha e Portugal. O fato de esses dois últimos países empreenderem as Grandes Navegações e colonizarem a América fez com que a maior parte do novo continente fosse cristianizada, dando novo fôlego ao catolicismo. Os jesuítas foram os principais sujeitos dessa cristianização, que contou com a luta contra a cultura indígena, a exploração do trabalho deles e também com a morte de milhares de habitantes do Novo Mundo.