Cuzco era o centro do mundo para os incas. Por isso, os espanhóis construíram outra cidade em cima da suntuosa capital.
A origem de Cuzco se confunde com as lendas do império inca. Onde a cidade se localiza, havia sido habitado por séculos antes da chegada deste povo, mas foi sob seu domínio que a região conheceu o apogeu.
No início da ocupação, a cidade era divida em dois setores: Hanan ( alto) e Hurin (baixo).
O grande planificador de Cuzco como sede do império foi o soberano Pachacutec. Para conseguir seu intento, Pachacutec ordenou a desocupação da velha Cuzco, elaborou um novo traçado para a cidade e tratou de repartir suas casas e terrenos entre aqueles que julgavam que deviam viver ali.
A reconstrução da cidade foi iniciada com a canalização de riachos, com isso, além de evitar enchentes e garantia o abastecimento de água para a cidade. O soberano convocava pessoas de vários impérios para a mão-de-obra.