Atualmente, não se tem exatidão sobre a localização da ossada de Pedro Álvares. Isso se deve ao fato de haver vários mistérios envolvendo seu sepulcro. Após ter comandado a famosa esquadra em 1500, com a qual descobriu o Brasil, Pedro Álvares Cabral veio a falecer em 1520, em Satarém, Portugal. Sendo sepultado em um túmulo provisório, teve seu corpo exumado em 1526, quando também havia falecido sua esposa, Isabel de Castro e, enterrado novamente ao lado dela, só que desta vez na igreja Nossa Senhora da Graça.
O túmulo permaneceu esquecido por muito tempo, até muitos turistas passaram a questionar o motivo pelo qual a lápide homenageava apenas a esposa de Pedro Álvares. Com isso um inquérito foi aberto para investigar o caso, em 1882, constatou-se que no jazigo havia restos de um carneiro e ossada de três humanos, sendo duas mulheres e um homem. O fato era misterioso, pois ali deveria conter apenas duas ossadas masculinas e uma feminina: Cabral e seu filho e a de Isabel, sua mulher. Não tendo muitos recursos na época, não tiveram como fazer a identificação dos corpos.
Em 1903, a campanha nacionalista iniciada em 1871 por dom Pedro II, requeria o translado dos restos mortais de Cabral para o Rio de Janeiro. Porém neste momento, o sepulcro que deveria conter as ossadas de Pedro Álvares Cabral já possuía cinco ossadas masculinas, uma feminina e duas de crianças. Uma parte da ossada que veio para o Brasil estava toda misturada. Além disso, em 1961, a Igreja de São Tiago, de Belmonte, cidade onde Cabral nasceu, recebeu uma oferta de Santarém: para guardar o que seria sua verdadeira ossada. Por esse motivo é que não se tem a real localização da verdadeira ossada de Cabral. Alguns estudiosos supõem que a sepultura havia sido violada durante as invasões francesas.